Mit einer Inspektion wird die Übereinstimmung des Ist- mit dem vom Gesetzgeber verlangten Sollzustand festgestellt. Die Kantonale Heilmittelkontrolle führt als Vollzugsbehörde die ihr gemäss Gesetz zugewiesenen bzw. von Vertragspartnern übertragenen Inspektionen durch.

Für den sogenannten GMP/GDP-Bereich (Good manufacturing Practice/good distribution practice) ist das Vorgehen gesamtschweizerisch harmonisiert. Im Bereich der Abgabe besteht noch keine formelle Harmonisierung. Das Inspektorat der Kantonalen Heilmittelkontrolle ist für alle von ihr durchgeführten Inspektionen von der Schweizerischen Akkreditierungsstelle akkreditiert.